Vendredi 3 février 2006 : L'Opération des Nations Unies au Burundi (ONUB) a appelé jeudi 2 février 2006 les Forces nationales de libération (FNL), dernière rébellion encore active au Burundi, à "déposer les armes sans condition".

Lundi 6 février 2006 : Le Programme Alimentaire Mondial (PAM) a publié vendredi 3 février 2006 à Bujumbura, la capitale, un communiqué selon lequel l'absence de pluies, la contamination du manioc par un virus ("maladie de la mosaïque" due à la mouche du tabac), réduiront de moitié les récoltes par rapport à 2005 et ne couvriront pas les besoins alimentaires de base jusqu'à la prochaine saison en juin 2006. Le PAM estime que 2,2 millions de personnes auront besoin d'une aide alimentaire ajoutant qu'un total de 72 000 tonnes d'aide alimentaire est nécessaire pour prêter assistance à la population. Le PAM s'est inquiété également du manque de financement. Il manque en effet 26 millions de dollars pour financer cette aide alimentaire.

Vendredi 17 février 2006 : 5 membres des Forces de libération nationale (FNL, dernier mouvement rebelle encore actif) et un soldat de l'armée régulière ont été tués mercredi 15 février 2006 dans des affrontements près de la capitale Bujumbura.

Lundi 27 mars 2006 : Le Représentant de l'Argentine et président du Conseil de sécurité de l'ONU pour le mois de mars, César Mayoral, s'est déclaré "profondément préoccupé " par la poursuite des combats entre les Forces nationales de libération (FNL) et l'armée burundaise, par les violations des droits de l'homme commises par les deux parties, ainsi que par les facteurs d'instabilité qui subsistent dans la région". Il demande la cessation immédiate des hostilités et des violations des droits de l'homme. Le Conseil de sécurité a par ailleurs approuvé un plan "prévoyant le retrait de l'Opération des Nations Unies au Burundi (ONUB) du Burundi d'ici au 31 décembre 2006" ajoutant toutefois qu'il "serait sage de continuer à surveiller de près l'évolution de la situation et d'évaluer celle-ci dans les mois à venir, en consultation avec le Gouvernement et les principales parties prenantes".

Mercredi 29 mars 2006 : Le Comité directeur national du Front pour la démocratie au Burundi (FRODEBU) a annoncé qu'il se retirait "immédiatement" du gouvernement accusant le régime du président hutu Pierre Nkurunziza d"user de "méthodes policières" dans la conduite des affaires de l'Etat. Selon le président du parti, Léonce Ngendakumana, les arrestations arbitraires, les enlèvements, les disparitions et les tueries sélectives sont monnaie courante dans le pays et n'épargnent pas les militants du parti, accusés d'entretenir des liens avec le Front national de libération (FNL, rébellion).

Lundi 24 avril 2006 : Réunis vendredi 21 avril 2006 à Bujumbura la capitale, des représentants de l'Ouganda, du Rwanda, de la RDC et du Burundi ont demander aux Nations Unies et à l'Union Africaine d'imposer des sanctions contre les Interahamwe du Rwanda, le Mouvement révolutionnaire congolais, l'Armée de résistance du seigneur (LRA) en Ouganda et les Forces nationales de libération du Burundi, groupes rebelles qui opèrent dans l'est de la République démocratique du Congo.

Mercredi 9 août 2006 : John Marries Rwangalinde, employé du Programme des Nations Unies pour le développement (PNUD) a été blessé après l'explosion d'une grenade qui a fait 4 morts et une trentaine de blessés graves le 6 août 2006 dans la commune Ngagara de Bujumbura la capitale.

Mardi 22 août 2006 : L'ancien président Domitien Ndayizeye, devenu sénateur, a été arrêté, lundi 21 août 2006. Selon un porte-parole de la police Domitien Nadyizeye "est interrogé par la justice", mais a refusé de donner la raison de son arrestation. Selon des sources proches du chef des services de renseignement burundais, "il serait liés à un coup d'Etat". Il est accusé avec 8 autres personnes, parmi lesquelles l'ancien vice-président du Burundi Alphonse-Marie Kadege, d'avoir porté atteinte à la sûreté intérieure de l'Etat.

Mardi 29 août 2006 : La Cour suprême du Burundi a décidé lundi le maintien en détention de 7 personnes, dont l'ancien président burundais Domitien Ndayizeye, accusées d'avoir préparé un coup d'Etat dans ce pays.

Vendredi 8 septembre 2006 : Le gouvernement et les Forces nationales de libération (FNL), la dernière des 7 rébellions encore actives au Burundi, ont signé jeudi 7 septembre 2006 à Dar es-Salaam en Tanzanie un accord de cessez-le-feu visant à mettre fin à 13 ans de guerre civile qui a fait plus de 300 000 morts. ** La deuxième vice-présidente burundaise, Alice Nzomukunda, a annoncé mardi 5 septembre 2006 à Bujumbura avoir démissionné de son poste, et accusé le gouvernement "de totale incapacité" et qui "ne respecte pas les institutions de la République". Elle a ajouté : "La dilapidation des deniers publics et la corruption sont en train de dominer l'espoir qui commençait à naître dans ce pays".

Samedi 9 septembre 2006 : L'organisation de défense des droits de l'homme, Human Rights Watch (HWR) et l’Association burundaise pour la Protection des droits humains et des personnes détenues ont publié le jeudi 7 septembre 2006 un rapport de 80 pages intitulé "Une santé chèrement payée : La détention des patients sans ressources dans les hôpitaux burundais" qui révèle que "les hôpitaux publics burundais maintiennent régulièrement en détention pendant des semaines voire des mois dans des conditions épouvantables des patients qui sont dans l’incapacité de régler leur facture". Juliane Kippenberg, chargée de liaison avec les ONG de la division Afrique à Human Rights Watch déclare que "maintenir en détention des patients pauvres parce qu’ils ne peuvent pas payer une facture punit les personnes sans ressources et viole les normes internationales en matière de droits de l’homme". Elle conclut : "C’est là un abus auquel les autorités burundaises se doivent de mettre un terme".

Vendredi 15 septembre 2006 : Selon une source officielle, le président Pierre Nkurunziza ne participera pas au XIème sommet de l'Organisation internationale de la Francophonie (OIF) prévu du 28 au 29 septembre 2006 à Bucarest en Roumanie.

Samedi 16 septembre 2006 : Le sous-secrétaire d'Etat américain chargé des Affaires africaines, Donald Yamamoto, est arrivé mercredi 13 septembre 2006 dans ce pays pour une visite de travail de 3 jours afin "de promouvoir le développement maintenant que le Burundi a renoué avec la paix".

Vendredi 6 octobre 2006 : Le président Pierre Nkurunziza a limogé mardi 3 octobre 2006 une cinquantaine de hauts cadres et agents en signant un décret visant à la suppression de l'Inspection générale des finances qui sera désormais rattachée à celui de la Bonne gouvernance et de l'Inspection générale de l'Etat, dans le cadre des réformes du secteur. Selon le ministre de la Bonne gouvernance, Venant Kamana, de nouveaux autres inspecteurs seront recrutés sur concours. Le ministre a tenu à préciser que les anciens cadres et agents, mis en "chômage d'expectative", seront, à ce titre, autorisés à concourir, a tenu à préciser le ministre.

Lundi 9 octobre 2006 : La Cour suprême a ordonné vendredi 6 octobre 2006 la mise en liberté provisoire de l'ancien président Domitien Ndayizeye et de ses 6 codétenus accusés d'avoir préparé un coup d'Etat. Le procureur a fait appel de cette décision provoquant le maintien en détention des accusés, emprisonnés depuis le 21 août 2006.

Jeudi 26 octobre 2006 : L'organisation de défense des droits de l'homme Human Rights Watch, a publié mercredi 25 octobre 2006 un rapport de 37 pages, intitulé "On s’enfuit quand on les voit : Exactions en toute impunité de la part du Service National de Renseignement au Burundi" qui met en cause les membres du Service National de Renseignement (SNR) qui sont responsables de graves atteintes aux droits humains, et ce à tous les niveaux de commandement. Le rapport indique qu'en 2005, les agents du SNR ont été impliqués dans 38 exécutions extrajudiciaires au moins, et dans plus de 200 arrestations arbitraires, dont certaines accompagnées d’actes de torture. ** Le Conseil de sécurité de l'ONU a demandé mercredi 25 octobre 2006 au Secrétaire général, Kofi Annan, par sa résolution 1719 d'établir un Bureau intégré des Nations Unies au Burundi (BINUB), ainsi qu'il l'avait lui-même recommandé en août 2006, pour une période initiale d'un an à compter du 1er janvier 2007 en remplacement de l'Opération des Nations Unies au Burundi (ONUB), créé en mai 2004 pour soutenir les efforts de paix et le processus de réconciliation nationale.

Vendredi 27 octobre 2006 : Le président Pierre Nkurunziza a reçu en audience mercredi 25 octobre 2006 le Tunisien Youssef Mahmoud, nouveau représentant spécial adjoint du Secrétaire général de l'ONU au Burundi. ** Les membres du syndicat des travailleurs de la Radio Télévision Nationale du Burundi (RTNB) sont en grève depuis mercredi 25 octobre 2006 pour 3 jours pour demander une hausse de salaire. Les travailleurs de la RTNB ont déploré "le silence" du ministre de la Communication, Karenga Ramadhan qui n'aurait, selon eux, manifesté aucun intérêt à leurs revendications.

Vendredi 24 novembre 2006 : Serge Nibizi, rédacteur en chef de la station privée Radio publique africaine et Domitile Kiramvu de la même radio et correspondante de la radio allemande "Deutsche Welle", ont été incarcérés mercredi 22 novembre 2006 après avoir été inculpés pour "diffusion d’informations portant atteinte à la sécurité de l’état". La Fédération Internationale des Journalistes (FIJ) a condamné jeudi 23 novembre 2006 l'emprisonnement et le harcèlement des journalistes par le gouvernement du Burundi dans une apparente réaction à des émissions indiquant qu’une tentative avortée de coup d’état a été montée par le gouvernement. L’Association Burundaise des Journalistes, l’Association Burundaise des Radiodiffuseurs, la Maison de la presse du Burundi, l’Association des femmes journalistes, l’Observatoire de la presse burundaise, ont dits être choqués de la suite de la procédure judiciaire qui semblait programmée d’avance. Les organisations ont dit être déterminées à lutter pour la libération inconditionnelle des journalistes injustement incarcérés et sont ouvertes aux discussions avec le gouvernement.

Vendredi 1er décembre 2006 : Matthias Manirakiza, directeur de la radio privée "Isanganiro", a été incarcéré jeudi 30 novembre 2006 à la prison centrale de Mpimba à Bujumbura, la capitale, "pour avoir donné l'autorisation de diffuser des informations de nature à perturber l'ordre et la sécurité publique". La radio "Isanganiro" avait fait état le 29 août 2006 de la préparation supposée d'une attaque du palais présidentiel par des éléments de la police pour faire accréditer la thèse d'un coup d'Etat en préparation. C'est le troisième journaliste arrêté en moins d'une semaine au Burundi.

Samedi 23 décembre 2006 : Le Conseil de sécurité de l'ONU a adopté vendredi 22 décembre 2006 la résolution 1733 (2006) autorisant du 1er janvier au 15 février 2007 le déploiement de 916 militaires de la Mission de l'Organisation des Nations Unies en République démocratique du Congo (MONUC), qui achève son mandat à la fin de l'année, au profit de l'Opération de l'ONU en RDC (ONUB).

Vendredi 29 décembre 2006 : Le ministre de la Fonction publique, de la Sécurité sociale et du Travail, Dieudonné Ngogwenubusa a indiqué jeudi 28 décembre 2006 que la campagne de lutte contre les fonctionnaires fictifs au sein des institutions, a permis de "débusquer 2 004 dossiers frauduleux dans le seul ministère de l'Education nationale qui emploie jusqu'à 63 % des 60 000 agents et fonctionnaires de l'Etat Burundais. Le ministre de la Fonction Publique a précisé que son action allait maintenant se porter sur le ministère de la Santé publique "réputé pour son personnel pléthorique".

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